Nun ja, man sollte musikwissenschaftliche Debatten immer mit der erforderlichen Konsequenz in der Sache, aber eben sine ira et studio betreiben.

Wenn Bartpfeife derjenige ist, für den ich ihn halte, dann muss man halt sagen, das ist nichts Neues. In einem nicht mehr existierenden Forum hat er schon vor mehr als 10 Jahren ähnliche Angriffe gegen mich geführt, weil ich seinen Thesen zu Popmusik auf der Orgel nicht zugestimmt habe. Also, man reiche mir das Popcorn....

Zur Sache ist allerdings zu bemerken:
1. Nein, eine solche enharmonische Austauschbarkeit an einem einzigen Stück festzumachen, das völlig singulär dasteht und nicht einmal besonders gut ist, halte ich für mehr als gewagt.
Übrigens ist man damals mit den Tonbezeichnungen sehr penibel umgegangen. In einer mitteltönigen Stimmung gibt es cis, es, fis, gis und b. Jegliche enharmonische Verwechslung ist ausgeschlossen, deutlich hörbar. Dementsprechend wurde auch konsequent notiert. Wenn man sich ein chromatisches Stück anschaut, z.B. den Schluss von Rossis berühmter Toccata settima, dann sieht man, dass ausschließlich Töne notiert werden, die mitteltönig "gehen". Man wird nie ein des finden, es ist immer cis. Allerdings auch immer so, dass das klangliche Ergebnis farbig, aber eben nicht scheußlich ist. Aus dieser Perspektive ist cis - f nachvollziehbar. Das kommentarlos als Terz zu bezeichnen, halte ich für problematisch. Nichts anderes habe ich angemerkt.
Allerdings muss man sich fragen, was der Autor wollte? Des-Dur? Cis-Dur? Beides spielt im barocken Repertoire so gut wie keine Rolle. Was dann wieder zu der Frage führt, wie diese Quelle einzuschätzen ist.
Von der Musikpraxis um 1700 habe ich immerhin soviel Ahnung, dass ich regelmäßig zu Konzerten an historischen Orgeln eingeladen werde. Auf das Orgelkonzert meines Kritikers bin ich sehr gespannt.

2. Wir haben lediglich Abschriften, teilweise aus dem mitteldeutschen Raum und wissen nicht, wer, wann und unter welchen Umständen solche Angaben in den Notentext gelangt sind. Wir wissen auch nicht, ob diese Musik öffentlich gespielt wurde. Sicher, Bach hat Werke von Buxtehude nachweislich gekannt. Aber hat er sie öffentlich gespielt? Es bleibt lediglich die Feststellung, dass wichtige Werke des norddeutschen Barock auf den damaligen Orgeln oft gewisse Schwierigkeiten machen. Es wäre sehr interessant zu untersuchen, ob diese Probleme auch bei choralgebundenen Werken auftreten, die ja mit hoher Wahrscheinlichkeit der Orgel zugedacht waren. Ich kann mich nicht erinnern, dass mir da ein Problem begegnet wäre. Möglicherweise kann man nicht freie und choralgebundene Musik in einen Topf werfen.
Ich habe keine Lösung für das Problem. Allerdings finde ich es immer noch gewinnbringend, auch Artikel und Abhandlungen zu lesen, denen man am Ende vielleicht nicht oder nur teilweise zustimmt. Dementsprechend glaube ich auch immer noch, dass eine Empfehlung, die Dissertation von Ortgies zu lesen nicht einer völligen inhaltlichen Zustimmung gleichkommt.

3. Was soll ich dazu jetzt schreiben? Dass ich es bedaure, meinen Beruf gelernt zu haben? Oder sollte ich mit gleicher Münze herausgeben und etwas darüber schreiben, dass man Musikwissenschaften meistens dann studiert, wenn es für die Hochschule in der Aufnahmeprüfung nicht reicht? Das wäre aber wirklich gemein von mir...
Auch hier gilt: Sachlich kommt da nicht mehr viel. Am häuslichen Cembalo konnte man schnell umstimmen und kein versierter Cembalist wäre darauf angewiesen gewesen, dass jemand vorher eine bestimmte Stimmung publiziert.